分子的诱惑

《化学391：结构生物化学

所有的化学家都被同一个恶魔所困扰：需要可视化他们所研究的分子结构。在过去，他们用球和棍子做模型。当然，今天他们使用电脑。由此产生的模型是华丽的，但具有欺骗性。

“模型本身本质上是脆弱的，”Arthur Glasfeld教授（化学1989 -）说，因为它们只代表了解释不完美实验数据的一种可能方式。那么，您如何才能从模型中获得洞察力而不被其诱惑呢？

在他的结构生物化学课上，Glasfeld教授和他的学生研究了从致命的结核分枝杆菌中提取的铁依赖性调节蛋白（IdeR）模型。

该模型首次发表于1998年，展示了一个中心锌离子（红色球体）与碳（白色）、氮（蓝色）、硫（橙色）和氧（红色）组成的臂相连。在聚焦的框架之外，蛋白质链盘绕成螺旋状的带状。左边有一个单独的水分子（黄色）。

但这个模型只是一个近似值——这些臂可能存在于蓝色网格内的任何地方，这表示不确定区域。然后，格拉斯菲尔德要求学生们根据当前的数据来完善和改进模型。

这不仅仅是一个理论练习。内毒素是细菌通过与金属离子相互作用而避开人体免疫系统的重要组成部分。我们越了解它，就越有可能找到打败它的方法。

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